生信论文的套路
ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；
临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要；
Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性；
cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制一）；
STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）；
TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。
HPA数据库从tissue atlas，cell atlas和pathology atlas角度分别展示蛋白在正常组织、细胞和肿瘤组织中的表达情况，还展示蛋白在代谢（metabolic atlas)、血液（blood atlas）和脑组织（brain atlas）中的表达和潜在作用。
在认识基因或基因家族过程中，细胞图谱、正常组织和肿瘤组织图谱是基本层面，主要从蛋白表达的层面展示基因的功能，包括部分转录组学的信息。而代谢图谱、血液图谱和脑组织图谱则是进阶层面，也就是从更深入的视角去展示基因的功能。
任何基因产物——也就是蛋白——都开始于转录、翻译，并经过翻译后修饰、发挥功能，终止于泛素化降解等。从某种角度说，任何基因都离不开代谢，要么直接参与，要么间接参与。
HPA数据库代谢图谱是我们深入认识基因的代谢、信号通路的“航海图”。
代谢图谱能帮助我们探索蛋白功能及其组织特异性。对于参与代谢的蛋白，代谢图谱提供了整体描述，包括代谢系统/途径、细胞间隔和蛋白相关反应的数量。超过120个人工绘制的代谢通路图有助于可视化展示每个蛋白参与的代谢过程。每个通路图都伴有一个热图，详细描述了37种不同组织类型中所有参与代谢通路基因的mRNA水平。
点击进图代谢图谱的主页，我们可以继续查询。
点击右上角的explore，进入如下页面。网页默认为人类的代谢图谱，也可以选择酵母（yeast）。
比如我们选择人类的数据，进入Map viewer，选择cytosol，protein modification两个限制条件。网页即可呈现蛋白修饰相关基因的通路图，2D展示，图片都是可矢量放大或缩小的。
点击Interaction Partners，以今天分享中的PLOD3为例，网站会展示出与靶基因相互作用的基因。图片动态三维，可以调整位置和颜色，很贴心。
需要注意，代谢图谱只展示直接参与代谢的基因，未用通路图的形式展示间接参与代谢的基因。
提醒下，代谢图谱不是HPA数据库的核心。我们在使用HPA时，也应该把主要精力花在细胞图谱、正常组织图谱和异常组织图谱中，代谢图谱就交给专门做代谢的专业人士吧。我们仅作浅层次的了解即可，除非在进行生信论文分析时，表型涉及代谢，那个时候再去深入了解代谢图谱也不晚。
参考网址
https://www.metabolicatlas.org/.
本文分享自微信公众号 - 芒果先生聊生信（from2019to2020）。
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