生信论文的套路
ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；
临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要；
Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性；
cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制一）；
STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）；
TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。
前面，我们已经分享oncomine数据库做转录水平的差异分析，并推荐用oncomine+GEPIA双验证模式做差异分析。鉴于最新发表的论文和肿瘤浸润免疫细胞表型的分析，个人认为oncomine+TIMER双验证也是不错的组合。
对于单基因的差异分析，尤其是与肿瘤浸润免疫细胞表型相关的分析，芒果建议采用这种方法，确实做到统筹兼顾，有局部聚焦（oncomine）和全局通览（TIMER）的神奇效果。不过，在做多基因或者家族基因分析的时候，是选择oncomine+GEPIA双验证模式，而是选择oncomine+TIMER双验证，可以具体问题具体分析。
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TIMER数据库也是可以做差异表达分析的，而且还不错呢。在Diff Exp选项输入基因名称，点击submit即可生成。
TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)数据库也是用高通量测序(RNA-Seq表达谱)数据分析肿瘤组织中免疫细胞的浸润情况，主要提供B cells, CD4+ T cells, CD8+ T cells, Neutrphils, Macrophages and Dendritic cells等六种免疫细胞的浸润情况。界面友好，简单易学又方便。网址：https://cistrome.shinyapps.io/timer/。
TIMER网站分7个模块，其中前6个模块是对TCGA数据库的分析展示，第7个模块是对免疫细胞浸润比例进行评估。
基因模块，输入基因、肿瘤类型后，submit即可。
存活率模块。设定肿瘤类型，临床参数，免疫细胞类型和基因，还可以设定患者比例，存活时间，各种组合在一起，可以出很多图和表。功能强大。
突变模块，此部分内容相对局限，只有部分常见的突变基因列出。
SCNA模块，肿瘤和基因输入，submit即可。
差异表达分析。
相关性分析。
最后的评估模块其实是该数据库的特色。在掌握下载TCGA数据路数据的条件下，结合该数据库的这种功能，接近更高层次的论文。
比较起来，其实TIMER比TISIDB更简单，因为TISIDB的数据需要判断后选择可用的数据。在进行肿瘤免疫浸润分析时，最好能多角度分析。
本文分享自微信公众号 - 芒果先生聊生信（from2019to2020）。
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