atom版本是1.0.11。
先装字体：
sudo apt-get install ttf-wqy*
ctrl+shift+p打开命令面板，搜索style，选择open your stylesheet，再styles.less中输入：
// 使左侧tree view里的中文文件名正确显示
.tree-view {
font-family:DejaVu Sans Mono, 文泉驿微米黑;
font-size:12px; // 左侧tree view字体大小
}
// 使文件内容中的中文正确显示
atom-text-editor {
font-family:DejaVu Sans Mono, 文泉驿微米黑;
font-size:13px; // 文件编辑器字体大小
}
.tab-bar {
font-family: DejaVu Sans Mono, 文泉驿微米黑;
}
.markdown-preview {
font-family: DejaVu Sans Mono, 文泉驿微米黑;
}
atom-panel {
font-family: DejaVu Sans Mono, 文泉驿微米黑;
}
或者：
* {
font-family: DejaVu Sans Mono, 文泉驿微米黑 !important;
}
如何查看字体：
fc-list
微软雅黑等字体也应该可以。
还有这篇文章：让GutHub Atom显示中文
