最近依然对Nanopore-16S的数据分析比较感兴趣,决定继续学习一下。新技术的出现,让许多事成为可能,特别是这个便携式测序仪,让测序可以每个实验室,人人可得,并可以做许多以前需要送到公司做的工作。虽然由于囊中羞涩,尚没有采购机器,先从尝鲜者发表的文章和数据里探寻一下。
这里要吐槽一下牛津纳米孔科技公司,既然是想要扩大应用,就不应该像苹果一样把整个系统搞的这么封闭,应该把软件,流程都公开开源,这样软件才能变多,社区才会更加活跃呀,只把软件和流程限制在一个拥有机器的社区里,我不认为这有利于该公司的发展。我不是商人,不理解公司的行为,或许这样是为了其公司的长远发展也未可知。
在百度、必应上一搜索,纳米孔+16S关键词,能找到的中文信息并不多,好几个还是我发的笔记。比较有价值的几个信息有:
1.https://tieba.baidu.com/f?kw=nanopore #纳米孔吧,有个比较活跃的吧主和前辈王通(基因学苑公众号创办人,前段时间他在公众号留言送纳米孔教程,我也领了一份)发的帖子,暂时没有多少人气,估计后面随着测序仪的改进和广泛应用会火。吧主说留言可以给出EPI2ME的教程,我留言了,期待教程。
2.http://blog.sina.com.cn/s/blog\_83f77c940102xte9.html 一个前辈的新浪博客,总结了Nanopore-16S数据分析的策略,并列出了篇文献,使用blasr和last比对,Kilianski A, Haas J L, Corriveau E J, et al. Bacterial and viral identification and differentiation by amplicon sequencing on the MinION nanopore sequencer[J]. Gigascience, 2015, 4(1): 12.。
3.https://community.nanoporetech.com/guides/minion/rna002/5/ 官方社区,不绑定机器现在可以注册,但不能查看EPI2ME的流程。可以看一个rna直接测序的教程,涉及了EPI2ME,就是这个链接,教程是十分详细,一步一步的。
4.https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10200625 咱中国台湾同胞的博客,涉及到了这一块,记录的比较详细了,我准备跟着这个走一遍。
阅读原文是我的博客,之前的纳米孔学习笔记在这:
本文分享自微信公众号 - 科技记者(kejijizhe)。
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