Nanopore

Stella981
• 阅读 428

Nanopore

最近依然对Nanopore-16S的数据分析比较感兴趣,决定继续学习一下。新技术的出现,让许多事成为可能,特别是这个便携式测序仪,让测序可以每个实验室,人人可得,并可以做许多以前需要送到公司做的工作。虽然由于囊中羞涩,尚没有采购机器,先从尝鲜者发表的文章和数据里探寻一下。

这里要吐槽一下牛津纳米孔科技公司,既然是想要扩大应用,就不应该像苹果一样把整个系统搞的这么封闭,应该把软件,流程都公开开源,这样软件才能变多,社区才会更加活跃呀,只把软件和流程限制在一个拥有机器的社区里,我不认为这有利于该公司的发展。我不是商人,不理解公司的行为,或许这样是为了其公司的长远发展也未可知。

在百度、必应上一搜索,纳米孔+16S关键词,能找到的中文信息并不多,好几个还是我发的笔记。比较有价值的几个信息有:

1.https://tieba.baidu.com/f?kw=nanopore #纳米孔吧,有个比较活跃的吧主和前辈王通(基因学苑公众号创办人,前段时间他在公众号留言送纳米孔教程,我也领了一份)发的帖子,暂时没有多少人气,估计后面随着测序仪的改进和广泛应用会火。吧主说留言可以给出EPI2ME的教程,我留言了,期待教程。

2.http://blog.sina.com.cn/s/blog\_83f77c940102xte9.html 一个前辈的新浪博客,总结了Nanopore-16S数据分析的策略,并列出了篇文献,使用blasr和last比对,Kilianski A, Haas J L, Corriveau E J, et al. Bacterial and viral identification and differentiation by amplicon sequencing on the MinION nanopore sequencer[J]. Gigascience, 2015, 4(1): 12.。

3.https://community.nanoporetech.com/guides/minion/rna002/5/ 官方社区,不绑定机器现在可以注册,但不能查看EPI2ME的流程。可以看一个rna直接测序的教程,涉及了EPI2ME,就是这个链接,教程是十分详细,一步一步的。

4.https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10200625 咱中国台湾同胞的博客,涉及到了这一块,记录的比较详细了,我准备跟着这个走一遍。

阅读原文是我的博客,之前的纳米孔学习笔记在这:

1.纳米孔Nanopore-16S数据分析学习笔记

2.Nanopore牛津纳米孔测16S学习笔记

3.初识OXFORD NANOPORE

本文分享自微信公众号 - 科技记者(kejijizhe)。
如有侵权,请联系 support@oschina.cn 删除。
本文参与“OSC源创计划”,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

点赞
收藏
评论区
推荐文章
blmius blmius
3年前
MySQL:[Err] 1292 - Incorrect datetime value: ‘0000-00-00 00:00:00‘ for column ‘CREATE_TIME‘ at row 1
文章目录问题用navicat导入数据时,报错:原因这是因为当前的MySQL不支持datetime为0的情况。解决修改sql\mode:sql\mode:SQLMode定义了MySQL应支持的SQL语法、数据校验等,这样可以更容易地在不同的环境中使用MySQL。全局s
皕杰报表之UUID
​在我们用皕杰报表工具设计填报报表时,如何在新增行里自动增加id呢?能新增整数排序id吗?目前可以在新增行里自动增加id,但只能用uuid函数增加UUID编码,不能新增整数排序id。uuid函数说明:获取一个UUID,可以在填报表中用来创建数据ID语法:uuid()或uuid(sep)参数说明:sep布尔值,生成的uuid中是否包含分隔符'',缺省为
待兔 待兔
4个月前
手写Java HashMap源码
HashMap的使用教程HashMap的使用教程HashMap的使用教程HashMap的使用教程HashMap的使用教程22
Jacquelyn38 Jacquelyn38
3年前
2020年前端实用代码段,为你的工作保驾护航
有空的时候,自己总结了几个代码段,在开发中也经常使用,谢谢。1、使用解构获取json数据let jsonData  id: 1,status: "OK",data: 'a', 'b';let  id, status, data: number   jsonData;console.log(id, status, number )
Stella981 Stella981
3年前
Android So动态加载 优雅实现与原理分析
背景:漫品Android客户端集成适配转换功能(基于目标识别(So库35M)和人脸识别库(5M)),导致apk体积50M左右,为优化客户端体验,决定实现So文件动态加载.!(https://oscimg.oschina.net/oscnet/00d1ff90e4b34869664fef59e3ec3fdd20b.png)点击上方“蓝字”关注我
Wesley13 Wesley13
3年前
mysql设置时区
mysql设置时区mysql\_query("SETtime\_zone'8:00'")ordie('时区设置失败,请联系管理员!');中国在东8区所以加8方法二:selectcount(user\_id)asdevice,CONVERT\_TZ(FROM\_UNIXTIME(reg\_time),'08:00','0
Wesley13 Wesley13
3年前
00:Java简单了解
浅谈Java之概述Java是SUN(StanfordUniversityNetwork),斯坦福大学网络公司)1995年推出的一门高级编程语言。Java是一种面向Internet的编程语言。随着Java技术在web方面的不断成熟,已经成为Web应用程序的首选开发语言。Java是简单易学,完全面向对象,安全可靠,与平台无关的编程语言。
Stella981 Stella981
3年前
Django中Admin中的一些参数配置
设置在列表中显示的字段,id为django模型默认的主键list_display('id','name','sex','profession','email','qq','phone','status','create_time')设置在列表可编辑字段list_editable
Wesley13 Wesley13
3年前
MySQL部分从库上面因为大量的临时表tmp_table造成慢查询
背景描述Time:20190124T00:08:14.70572408:00User@Host:@Id:Schema:sentrymetaLast_errno:0Killed:0Query_time:0.315758Lock_
Python进阶者 Python进阶者
10个月前
Excel中这日期老是出来00:00:00,怎么用Pandas把这个去除
大家好,我是皮皮。一、前言前几天在Python白银交流群【上海新年人】问了一个Pandas数据筛选的问题。问题如下:这日期老是出来00:00:00,怎么把这个去除。二、实现过程后来【论草莓如何成为冻干莓】给了一个思路和代码如下:pd.toexcel之前把这